W 1990 roku Dom Literatury został przekazany w administrowanie specjalnie w tym celu powołanej Fundacji Domu Literatury i Domów Pracy Twórczej, co było autorskim pomysłem ówczesnej minister kultury i sztuki Izabelli Cywińskiej. Chciała ona w ten sposób zabezpieczyć Dom Literatury w Warszawie – placówkę o doniosłym znaczeniu dla polskiej powojennej kultury, ale i o bardzo atrakcyjnej lokalizacji – przed zagrożeniami wynikającymi z czysto rynkowego podejścia do tego rodzaju nieruchomości.
Fundacja Domu Literatury i Domów Pracy Twórczej, której fundatorami są Stowarzyszenie Pisarzy Polskich, Polski PEN Club i Związek Literatów Polskich, administruje Domem Literatury na podstawie umów zawartych z m.st. Warszawą.
Jednym z głównych celów Fundacji jest finansowanie, utrzymywanie i zarządzanie Domem Literatury, a także promocja twórczości literackiej, wspieranie środowisk literackich oraz upowszechnianie wiedzy o literaturze. W skład zarządu Fundacji wchodzą przedstawiciele Stowarzyszenia Pisarzy Polskich, Związku Literatów Polskich i Polskiego PEN Clubu.
Przez 75 lat, od momentu zbudowania Domu Literatury w 1949 roku i przekazania go literatom, środowisko literackie zawsze troszczyło się i dbało o budynki mieszczące Dom Literatury, prowadząc wszystkie prace remontowe, przeznaczając na to środki własne lub pozyskując środki zewnętrzne (subwencje, dotacje itp.).
Działania te podejmowała od początku swego istnienia także Fundacja Domu Literatury i Domów Pracy Twórczej – tylko w latach 2010-2019 poniesione przez Fundację nakłady na remonty (w tym m.in. remonty elewacji i dachu) wyniosły łącznie 1 122 538,86 zł, z czego ponad połowę (572 240,90 zł) stanowiły środki własne Fundacji, zaś prawie połowę (550 297,96 zł) środki zewnętrzne – dotacje pozyskane przez Fundację w otwartych konkursach dotacyjnych (m.in. Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Mazowieckiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków, Stołecznego Konserwatora Zabytków).
Dom Literatury w całości utrzymywany jest ze środków własnych Fundacji Domu Literatury i Domów Pracy Twórczej, pozyskiwanych głównie. w ramach prowadzonej przez Fundację działalności gospodarczej.
Fundacja Domu Literatury i Domów Pracy Twórczej, która zgodnie z zamysłem jej fundatorów powołana została tylko w celu administrowania m.in. Domem Literatury, z roku na rok prowadzi lub współorganizuje coraz więcej własnych projektów o charakterze kulturotwórczym, takich jak np. festiwal Warszawa Wierszy (2023 i 2024)czy adresowane do najmłodszych czytelników Baśniowe poranki w Domu Literatury (2022).